Pada rute penerbangan Jakarta – Kupang, tersedia 4 Maskapai penerbangan yang menyediakan armadanya untuk melayani jasa angkutan penumpang komersil, yakni Batik Air, Lion Air, Garuda Indonesia, dan Sriwijaya Air. Masing-masing maskapai mengoperasikan armadanya 7 hari dalam seminggu (setiap hari). Untuk Rute Jakarta – Kupang, Lion Air mengoperasikan 3 armadanya dalam sehari, Garuda Indonesia 2 kali, serta Batik Air dan Sriwijaya Air yang masing-masing 1 kali dalam sehari. Sedangkan untuk Rute Kupang – Jakarta, Hanya ada 3 maskapai yang beroperasi, yakni Garuda Indonesia, Batik Air, dan Lion Air.

Berikut jadwal penerbangan untuk Rute Jakarta – Kupang PP dari berbagai maskapai yang tersedia,