Penerbangan dari Indonesia menuju ke Kinabalu, Malaysia dapat ditempuh melalui beberapa bandara di masing-masing kota, diantaranya, Bandara Soekarno Hatta di Jakarta (JKT), Bandara Kualanamu di Medan (KNO), Bandara Ahmad Yani di Semarang (SRG), Bandara Husein Sastranegara di Bandung (BDO), Bandara Sultan Mahmud Badaruddin II di Palembang (PLM), Bandara Juwata di Tarakan (TRK), Bandara Supadio di Pontianak (PNK), dan Bandara Ngurah Rai di Bali (DPS).
Beberapa maskapai yang melayani penerbangan ke Kinabalu dari beberapa kota tersebut diantaranya adalah Singapore Airlines, garuda Indonesia, SilkAir, Royal Brunei, AirAsia, dan Malaysia Airlines. Penerbangan ke Kinabalu nantinya akan didaratkan di Bandara Internasional Kinabalu (BKI) di Sabah, Malaysia. Penerbangan dari Indonesia menuju ke ini rata-rata memerlukan durasi waktu mulai 1 jam 30 menit hingga maksimal sekitar 4 jam 15 menit.
Berikut kami informasikan jadwal penerbangan dari beberapa kota menuju ke Kinabalu – Malaysia, diantaranya Jakarta, Semarang, Medan, dan Denpasar,
| Jadwal Penerbangan dari Jakarta (CGK) ke Kinabalu (BKI) | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Singapore Airlines | SQ957 | 11:30 AM | 02:05 PM | Senin, Rabu, Jumat |
| Garuda Indonesia | GA832 | 11:30 AM | 02:20 PM | Senin, Rabu, Jumat |
| SilkAir | MI382 | 03:55 PM | 06:10 PM | Senin, Rabu, Jumat |
| Royal Brunei | BI736 | 01:55 PM | 05:20 PM | Rabu, Jumat, Minggu |
| Royal Brunei | BI827 | 06:25 PM | 07:05 PM | Rabu, Jumat, Minggu |
| AirAsia | AK240 | 07:20 PM | 11:05 PM | Selasa, Kamis, Sabtu |
| AirAsia | AK242 | 08:55 PM | 12:30 AM (+1) | Selasa, Kamis, Sabtu |
| Jadwal Penerbangan dari Medan (KNO) ke Kinabalu (BKI) | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Malaysia Airlines | MH861 | 09:30 AM | 11:30 AM | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Malaysia Airlines | MH2616 | 02:15 PM | 04:50 PM | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Malaysia Airlines | MH865 | 03:45 PM | 05:45 PM | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Malaysia Airlines | MH2606 | 07:00 PM | 09:40 PM | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Malaysia Airlines | MH847 | 06:45 PM | 08:50 PM | Senin, Kamis, Jumat, Minggu |
| Malaysia Airlines | MH2626 | 10:10 PM | 12:50 AM (+1) | Senin, Kamis, Jumat, Minggu |
| Jadwal Penerbangan dari Semarang (SRG) ke Kinabalu (BKI) | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| SilkAir | MI101 | 10:55 AM | 01:55 PM | Senin |
| SilkAir | MI382 | 03:55 PM | 06:10 PM | Senin |
| Jadwal Penerbangan dari Denpasar (DPS) ke Kinabalu (BKI) | ||||
| Nama Maskapai | Kode Penerbangan | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| AirAsia | QZ832 | 02:50 PM | 05:20 PM | Selasa, Kamis, Sabtu |