Penerbangan dari Jakarta ke Ambon dioperasikan dari dua Bandara, Yakni melalui Bandara Soekarno Hatta (CGK) di Cengkareng dan melalui Bandara Halim Perdana Kusuma (HLM) di Jakarta Timur yang masing-masing menuju ke Bandara Internasional Pattimura (AMQ) di Ambon – Maluku Selatan. Penerbangan di rute ini membutuhkan waktu sekitar 3 jam 30 menit jika tanpa transit, waktu yang relatif sama juga berlaku untuk rute sebaliknya. Maskapai yang mengoperasikan armadanya di rute ini diantaranya adalah Batik Air, Lion Air, Garuda Indonesia, dan Wings Air.
Setipa harinya ada 7 jadwal penerbangan yang dibuka untuk rute Jakarta menuju ke Ambon. Sedangkan untuk rute sebaliknya yaitu Ambon menuju Jakarta, ada 8 jadwal penerbangan yang dibuka. Masing-masing penerbangan tersebut dioperasikan setiap hari (7 hari dalam seminggu).
Berikut Rincian Jadwal Penerbangan Rute Jakarta – Ambon dan untuk Rute berlawanan, Ambon menuju Jakarta :
| Jadwal Penerbangan Jakarta (CGK dan HLP) – Ambon (AMQ) | ||||
| Maskapai Penerbangan | Kode Maskapai | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Batik Air | ID 6170 | 12.30 | 06.00 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 790 | 01.30 | 07.00 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 646 | 08.15 | 13.50 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6178 | 13.10 | 18.40 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6370 | 06.00 | 13.55 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6296 | 10.45 | 17.20 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 640 | 23.45 | 06.50 (+1) | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Jadwal Penerbangan Ambon (AMQ) – Jakarta (CGK dan HLP) | ||||
| Maskapai Penerbangan | Kode Maskapai | Berangkat | Tiba | Frekuensi |
| Batik Air | ID 6171 | 06.50 | 08.20 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Lion Air | JT 885 | 07.45 | 09.15 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 647 | 14.40 | 16.15 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6179 | 19.55 | 21.25 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Garuda Indonesia | GA 641 | 08.30 | 11.15 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Wing Air | IW 1787 | 16.15 | 19.00 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6175 | 19.35 | 22.40 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |
| Batik Air | ID 6179 | 19.55 | 21.25 | Senin, Selasa, Rabu, Kamis, Jumat, Sabtu, Minggu |